依照《中华人民共和国行政处罚法》的相关规定，只有依照法律规定有权实施罚款、拘留等行政处罚措施的机关，才能依法定程序和权限，对违法者采取罚款等强制措施。而劳动法上的用人单位不是行政执法机关，无权对职工的违法行为进行罚款。
1.企业规定对员工罚款无依据可查
原《企业职工奖惩条例》规定了对于违反规章制度的职工进行罚款的权利，但XX年1月15日出台的国务院令第516号文明确废止了改条例，并规定以《劳动法》、《劳动合同法》代替。因此，《企业职工奖惩条例》被废止后，企业行使处罚权的依据不复存在，如果企业仍将罚款作为对员工的惩处办法，可能面临相关条款被认定无效，不能作为处罚的依据，或者额外支付经济补偿金等一系列风险。因此，无论是从管理的有效性、实用性与科学性的角度来看，还是从合法性来看，用人单位都应当摒弃“罚款”这类简单粗暴的方式方法，而选用风险更小更利于促进用工和谐的管理模式。
2.对于涉及职工利益的内部规章制度应当严格按照法定程序
《劳动合同法》第四条对用人单位的规章制度提出了严格的要求：“……用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利、职工培训、劳动纪律以及劳动定额管理等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。……用人单位应当将直接涉及劳动者切身利益的规章制度和重大事项决定公示，或者告知劳动者。”
3.设立合法、有效、完善的制度进行规范。
企业针对这种大错不犯、小错不断的员工，应制定有效、完善的制度进行规范：首先，针对考勤问题，可以在工资构成中设置全勤奖来进行有效管理：若员工当月满勤的情况下则可享受全勤奖;若员工当月出现迟到、早退、旷工等相关情形时，用人单位可扣除员工当月的全部或部分全勤奖。其次，针对员工迟到、早退、旷工的次数与时间设置不同程度的违纪处罚措施，并依法制定相关规章制度。若每人每月一次迟到?分钟或者每月三次以内累计迟到?分钟者，给予书面警告等类似条款，直至可视为严重违反规章制度并解除劳动合同。再次，对于违纪行为，还可以通过依法制定极具实际操作价值的绩效考核制度进行管理。针对职工迟到、早退、旷工等各种小错，在整体考核中规定一定权重，以考核结果来调整员工的晋升、工资、奖励等。